需要研究人员根据研究的相关生物学背景，再结合生物信息学分析的结果，以及查看相关的文献资料来确认哪些蛋白可以用于后续深入的研究。后期的蛋白验证实验，一般情况下是根据客户的需要，结合课题本身，在所筛选到的差异的蛋白中，找到关注的蛋白，并且在挑选的时候尽量挑蛋白可信度高的、差异变化较明显的蛋白。

1. 文献阅读量必不可少，要对研究方向的明星通路或蛋白有所了解，这是能否挖掘到关键蛋白的基础。

2. 通过差异蛋白的富集分析或GSEA分析，看下显著富集到哪些明星通路，明星通路含有哪些差异蛋白。

3. 没有明星通路，再看下非明星通路及其蛋白，如果显著富集分析结果没有亮点，可以从包含蛋白名称的非显著富集的通路excel表中，搜索关键词，如低氧胁迫，可以搜”“hypoxia”“oxygen”“hyperoxia”，看看是否能发现一些有意思的结果。

4. 如果能在WGCNA分析，可以将hub蛋白作为候选蛋白。

5. 选择score值比较大的候选蛋白进行expression和function validation。

1. 蛋白编码的基因转录形成的mRNA去预测靶向的miRNA（小木虫找就有预测网站）；

2. 环状-基因：来源基因预测；或者circRNA-miRNA-mRNA互作网络及基因出发预测miRAN,然后基于miRNA再去预测靶向的环状构建互作网络。

3 万+标品数据库为过滤整合的数据库，一部分是公司使用标准品自建的，一部分是商业数据库，一部分来自公共数据库。公共数据库这部分，我们仅保留了高分辨质谱上采集的这部分谱图，过滤掉了低分辨质谱及谱图质量存在问题的这部分低质量谱图，然后人工对高质量的谱图检查，确认没有问题后才把这些代谢物整合到了我们3万+数据库中。